学科团队按照水土保持学、石漠化防治学、生态修复工程学、流域治理学和农林复合生态系统学5个二级学科进行设置。

一、水土保持学团队

以区域水土流失控制为目标，以区域土壤侵蚀预测模型理论为核心，针对南方不同水土流失类型发生原因和过程，开展土壤侵蚀水沙二相流侵蚀动力学过程、坡面关键带植被结构与水文过程的互馈机制、水土保持生物-工程-农业措施配置理论与方法、水土保持规划设计、城市水土保持等研究。

二、石漠化防治学团队

主要开展南方岩溶地区石漠化发生与防治理论，石漠化监测与预报，防治技术体系构建与评估。针对岩溶地区石漠化发生、生态脆弱区土地退化等问题，开展石漠化发生与演变过程、生态脆弱区土壤退化-植被演替-水土流失过程与机理、石漠化监测理论与方法、石漠化生态产业发展模式等方面的研究。

三、生态修复工程学团队

以困难立地生态修复、土壤盐碱化改良、废弃矿山生态修复为目标。针对区域退化生态系统修复、重大生态系统工程建设中的关键问题，开展生态系统退化机理、退化生态系统修复与治理、污染土地生态修复、不同域场生态修复工程理论与关键技术、生态修复-环境-功能协调一体化等研究，实现工程化示范。

四、流域治理学团队

聚焦流域综合治理和可持续高质量发展需求，开展山水林田湖草沙一体化保护与系统治理、流域面源污染与水沙过程耦合机制、小流域综合治理、全流域生态系统服务功能权衡与协同评价，流域信息化与智慧监管等研究。构建生态水文系统多尺度多过程耦合模型，创新提出流域尺度森林水文与流域管理技术体系。

五、农林复合生态系统学团队

聚焦南方低山南方低岗丘陵区水土保持经济林品种选育、农林复合经营生态配置、林果生态产业发展模式。针对南方农林复合经营过程中生态与经济效益双赢需求，开展农林复合生态系统分类与分区、规划设计理论与方法、农林复合经营与管理、水土保持经济林品种选育与配置、农林-林牧-林副复合产业模式等研究。